Il coro in legno di noce, costruito dal Peperelli nel 1637, fu ornato di stalli, eseguiti dall’ebanista Giacomo Finazzi su disegno di Filippo Gagliardi, nel 1651. A due ordini ascendenti, ha un dossale diviso a seconda dei seggi da una serie di pilastrini scanalati con i capitellini corinzi ornati di festoncino tra le due volute e sui quali si leva una trabeazione leggera ed elegante. Gli spazi tra i pilastrini sono adorni di cornici sottili. I braccioli sono rettilinei, massicci, mentre i seggi e gli inginocchiatoi hanno forme semplici.

Nel mezzo della parete di fondo, il seggio maggiore è adorno di due colonnine scanalate e di una figurina della Vergine a tutto tondo in legno scolpito.

Le pareti in alto sono ornate dai quadri grandissimi a sinistra del Sacrificio di Elia, a destra della Liberazione dalla peste dell’isola di Cipro per opera di S. Pier Tommaso. Ai lati del grande finestrone si trovano due quadri minori: la Nascita di Gesù (a sinistra) e la Natività di Maria (a destra). Furono tutti dipinti da Angelo Papi fra il 1760  e il 1761 e fatti eseguire contemporaneamente al pavimento marmoreo.