Nel 1484, esattamente il 13 novembre, il Papa Innocenzo VIII (Giovanni Battista Cybo), con la bolla Sacrosanctae et militantis Ecclesiae, concedeva la chiesa della Traspontina ai Carmelitani. Nella bolla stessa è la spiegazione del motivo di questa assegnazione: Il Papa stesso, quando era ancora Cardinale, aveva avuto modo di apprezzare l’opera dei Carmelitani nella chiesa di S. Martino, rimpiangendo però il fatto che quella chiesa fosse posta fuori dall’abitato; la chiesa della Traspontina, invece, sorgeva in un Borgo già sovrappopolato, non aveva clero, se non un arciprete, ed era in stato fatiscente. Il Papa era certo che la chiesa, nelle mani degli operosi Carmelitani, sarebbe presto rifiorita.

L’ingresso dell’ordine nella chiesa portò subito ai restauri e alla costruzione di un convento che, nel 1498, era già pronto ad ospitare una comunità carmelitana di sette frati, guidata dal priore padre Alessandro Cornelio e comprendente anche padre Pietro Terrasse Provinciale di Roma, Procuratore generale e Vicario generale per tutte le province italiane