Non si conosce l'anno preciso della costruzione della chiesa. Probabilmente esisteva già nel 772, quando Adriano I sembra la dichiarasse diaconia dopo averla restaurata. La Chiesa era dedicata alla Vergine e venne chiamata con vari nomi: In Adrianum (Hadrianum), In capite porticus, In Portica, Transpontem e, infine, In Traspontina. Si trovano anche in nomi di: In Transpadania, Transpadina, In Turrispadina che possono essere interpretati come corruzione della parola Traspontina, oppure possono rimandare ad una possibile colonia di transpadani (longobardi e germanici) situata nella zona.

Nel XV secolo la Chiesa fu affidata ai Carmelitani che da allora sono rimasti fino ad oggi titolari della Traspontina e del convento annesso la cui origine risale appunto a quel periodo.

Nel corso dei secoli successivi, la Chiesa subì ripetutamente le inondazioni del Tevere, ma l'oltraggio più grave fu quello arrecatole dal Sacco di Roma del 1527, dal quale non si riprese più al punto da arrivare alla demolizione e alla successiva riedificazione nel luogo attuale, più sicuro, avvenuta alla fine del XVI secolo.