Secondo un’antica tradizione, le colonne che danno il nome alla cappella sono quelle alle quali furono legati gli apostoli Pietro e Paolo per la flagellazione e furono quindi oggetto di grande venerazione. Lo stesso S. Filippo Neri pregava spesso devotamente davanti ad esse.

Le colonne provengono dalle cappelle sparse lungo la Portica o Via Santa (Borgo Vecchio) e furono portate nella vecchia Traspontina da Celestino III, che consacrò anche l’altare della cappella dove furono poste. Vedi Link

Tutte le pitture, pala e affreschi, sono di Giovan Battista Ricci da Novara (†1627), che le terminò nel 1619.

Sull’altare è posta la pala, che rappresenta la Flagellazione dei santi Pietro e Paolo, e sopra di esse, in un ovale, il Crocifisso, proveniente dalla vecchia Traspontina, e qui collocato nel 1587. Secondo la leggenda, avrebbe parlato a S. Pietro, rinchiuso nel carcere Mamertino. In realtà, è opera riferibile al secolo XIV, ridipinta e ridorata.

Sulla parete della cappella, vi sono anche due epigrafi: quella a destra ricorda il conte Giovanni Battista Stanga, committente degli affreschi, quella di sinistra, databile 1496, tutte le tradizioni riguardanti la Traspontina.