Un primo altare in onore della Santa fu eretto immediatamente dopo la sua beatificazione, avvenuta nel 1626. S. Maria Maddalena de’ Pazzi (Firenze 1566-1607), entrata a 16 anni nel monastero delle Carmelitane di S. Maria degli Angeli, condusse una vita nascosta di preghiera e di mortificazione; sentiva profondamente il problema della riforma della Chiesa e fu arricchita da Dio di grazie particolari. Fu canonizzata nel 1669 e la festa si celebra il 25 maggio.

L’altare marmoreo fu eretto nel 1639; la pala d’altare, raffigurante la Trinità, la Vergine, S. Maria Maddalena de’ pazzi e San Giuseppe, è di autore ignoto.

Nella volta del transetto si può ammirare il dipinto della Croce e gli angeli con i simboli della Passione, di Cesare Caroselli.