La chiesa anticamente era molto più vicina a Castel S. Angelo: in tutte le piante di Roma antica, la nostra chiesa è disegnata quasi di fronte alla Porta S. Angeli, cioè Porta Castello, in corrispondenza dell’arco situato nelle fosse di Castello su cui si vede tuttora lo stemma di Pio V.

La facciata era volta verso il fiume con una finestra circolare in alto e tre porte, corrispondenti alle tre navate. La navata centrale era più alta di quelle laterali i cui tetti si appoggiavano ai muri laterali della prima. Le dimensioni dovevano essere all’incirca 40 metri di lunghezza per 18 di larghezza.

In questa chiesa, dove erano già conservati un Crocifisso miracoloso e le due colonne alle quali, secondo tradizione, furono legati per la flagellazione gli Apostoli Pietro e Paolo, si riuniva il corteo imperiale in occasione dell’incoronazione dei Re germanici ad Imperatori dei Romani.

Un aneddoto interessante riguarda Benvenuto Cellini che trovò asilo, durante la sua fuga da Castel S. Angelo, proprio in questa chiesa.