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Il ciclo pittorico, voluto dalla Compagnia di Gesù, risulta terminato nel 1603 ad opera di alcuni pittori del manierismo toscano fra i quali Commodi (nell'abside), Ciampelli (nel transetto), Ligustri (lungo le pareti) e Fiammeri (quadri degli altari).

Della stessa epoca il portale ligneo che riprende le storie del martirio dei Santi Vitale, Valeria, Gervasio e Protasio, con in più alcuni quadri della storia di S. Ignazio.